In Bestensee kreuzen sich die Bundesstraßen 179 zwischen Königs Wusterhausen und Märkisch Buchholz sowie die Bundesstraße 246 zwischen Zossen und Storkow. Nach Königs Wusterhausen sind es etwa 7 km, nach Märkisch Buchholz 20 km, nach Zossen 17 km und nach Storkow 22 km. Bestensee hat seit dem 15. Juni 2009 eine Anschlussstelle an der Bundesautobahn 13 Berlin–Dresden. Sie befindet sich an der Kreuzung der Autobahn mit der Bundesstraße 246. Der südliche Berliner Ring (Bundesautobahn 10) mit der Anschlussstelle Königs Wusterhausen ist etwa zehn Kilometer entfernt.

Bestensee verfügt über einen Bahnhof, an dem die Regionalbahn der Linie RB 24 (Eberswalde–Berlin Ostkreuz–Senftenberg; Stand 10/16) im Stundentakt hält. In den Nachtstunden wird die Linie RB 24 durch den Regional-Express der Linie RE 2 (Cottbus – Berlin – Wismar; Stand 10/16) ersetzt. Von Mai 2010 bis zum 1. September 2011 wurde ein Teilstück der Bahnstrecke Berlin–Görlitz zwischen Königs Wusterhausen und Lübbenau erneuert. Hierbei bekam auch der Bahnhof Bestensee neue, barrierefreie Bahnsteige.